外顯子定序 (Exome-seq)
Exome Sequencing
外顯子（exon）是真核生物基因的一部分，包含著合成蛋白質所需要的信息。全部外顯子，稱為“外顯子組”（Exome）。外顯子組測序（Exome sequencing）是指利用序列捕獲技術將全基因組外顯子區域DNA捕捉並富集後進行高通量定序的基因組分析方法。由於外顯子組定序只需針對外顯子區域的DNA即可（例如：人類外顯子組只占人類基因組長度的約1%，但是目前由DNA變異引起的疾病估計有85%以上來自於外顯子組區域的變異），因此遠比進行全基因定序列測序更簡便、經濟、高效，其目標區域覆蓋度也更高，便於變異檢測。
技術流程
生物訊息分析
標準訊息分析
1) 去除接頭污染和低質量數據
2) 比對；產出數據的統計
3) SNP 檢測；註釋和統計
4) InDel 檢測；註釋和統計
進階信息分析
1) 成對樣本(normal-tumor)Somatic SNP/InDel 檢測、註釋及統計
2) 篩選出的突變與已有數據庫的比較(cosmic, dbSNP等)
3) 胺基酸置換預測(SIFT,Polyphon-2)
4) 篩選出的基因的GO 富集分析,Pathway 富集分析
5) 壓力檢測以識別driver gene
6) Mutation target network
報告內容範例
參考資料 : Whole-exome sequencing of pancreatic cancer defines genetic diversity and therapeutic targets. Nat Commun. 2015
送樣要求
1. 樣品類型：細胞、新鮮組織或gDNA樣品
2. 樣品總量：gDNA≥1ug
3. 樣品濃度：≥50 ng/μl
外顯子（exon）是真核生物基因的一部分，包含著合成蛋白質所需要的信息。全部外顯子，稱為“外顯子組”（Exome）。外顯子組測序（Exome sequencing）是指利用序列捕獲技術將全基因組外顯子區域DNA捕捉並富集後進行高通量定序的基因組分析方法。由於外顯子組定序只需針對外顯子區域的DNA即可（例如：人類外顯子組只占人類基因組長度的約1%，但是目前由DNA變異引起的疾病估計有85%以上來自於外顯子組區域的變異），因此遠比進行全基因定序列測序更簡便、經濟、高效，其目標區域覆蓋度也更高，便於變異檢測。
生物訊息分析
標準訊息分析
1) 去除接頭污染和低質量數據
2) 比對；產出數據的統計
3) SNP 檢測；註釋和統計
4) InDel 檢測；註釋和統計
進階信息分析
1) 成對樣本(normal-tumor)Somatic SNP/InDel 檢測、註釋及統計
2) 篩選出的突變與已有數據庫的比較(cosmic, dbSNP等)
3) 胺基酸置換預測(SIFT,Polyphon-2)
4) 篩選出的基因的GO 富集分析,Pathway 富集分析
5) 壓力檢測以識別driver gene
6) Mutation target network
報告內容範例
參考資料 : Whole-exome sequencing of pancreatic cancer defines genetic diversity and therapeutic targets. Nat Commun. 2015
1. 樣品類型：細胞、新鮮組織或gDNA樣品
2. 樣品總量：gDNA≥1ug
3. 樣品濃度：≥50 ng/μl